动物无害化处理设备的使用多是利用了发酵法，是指将动物尸体及相关动物产品与稻糠、木屑等辅料按要求摆放，利用动物尸体及相关动物产品产生的生物热或加入特定生物制剂，发酵或分解动物尸体及相关动物产品的方法。
但在一些设备的使用中，一些重大动物疫病及人畜共患病死亡的动物尸体和相关动物产品是不得使用发酵法进行处理的，所以发酵过程中应做好防雨措施；应使用合理的废弃处理系统，有效吸收处理过程中动物尸体和相关动物产品腐败产生的恶臭气体，使废气排放符合国家相关标准，使用效果也会更好。
如果动物无害化处理设备采用条垛式堆肥发酵的话，应选择平整、防渗地面；采用沼气池发酵法时，应对进料口进行密封处理，这样才能保障设备的正常使用。
